W 2013 grupa krakowskich instrumentalistek i instrumentalistów uczestniczyła w projekcie European Workshop for Contemporary Music pod kierunkiem Rüdigera Bohna na Warszawskiej Jesieni. Po wspólnych występach podczas Międzynarodowych Wakacyjnych Kursów Nowej Muzyki w Darmstadcie muzycy – z inicjatywy Martyny Zakrzewskiej, Mateusza Rusowicza i Piotra Peszata – uformowali niezależny zespół. Koncertami w Centrum Sztuki Współczesnej „Solvay” i Kinoteatrze „Wrzos” rozpoczęła działalność Spółdzielnia Muzyczna contemporary ensemble, grupa specjalizująca się w wykonawstwie muzyki nowej.

W swoich programach zespół stara się łączyć klasykę muzyki XX wieku z kompozycjami twórców młodego pokolenia, a jednocześnie pozostaje otwarty na eksperyment i działania interdyscyplinarne. Regularnie występuje na najważniejszych festiwalach w Krakowie i całym kraju, takich jak: Warszawska Jesień, Sacrum Profanum, Audio Art, ELEMENTI, Musica Moderna, NeoArte. Syntezator Sztuki, Festiwal Tradycji i Awangardy Muzycznej „Kody”, aXes – Triduum Muzyki Nowej. W 2020 zespół wziął udział w stalowowolskim festiwalu Młodzi Muzycy Młodemu Miastu 2.0, stanowiącym wznowienie – po czterdziestoletniej przerwie – jednego z cyklicznych wydarzeń formacyjnych dla współczesnej polskiej sceny kompozytorskiej. W sezonie artystycznym 2019/2020 Spółdzielnia prezentowała autorskie programy z muzyką klasyków XX i XXI wieku w ramach cyklu Ars moderna w Filharmonii Krakowskiej. W 2021 Ernst von Siemens Musikstiftung wsparła organizacyjny i artystyczny rozwój zespołu poprzez przyznanie Spółdzielni Muzycznej prestiżowej Ensemble Prize. 

Latem 2018 Spółdzielnia Muzyczna uczestniczyła w zespołowych kursach mistrzowskich Ensemble-Akademie Freiburg, prowadzonych przez ensemble recherche. W rodzimym Krakowie zespół sam prowadzi działalność edukacyjną w dziedzinie muzyki najnowszej – organizuje warsztaty instrumentalne dla młodych kompozytorek i kompozytorów oraz konkursy kompozytorskie. Najszerzej zakrojonym przedsięwzięciem na tym polu pozostają spotkania pod tytułem Otwórz Uszy. Tu i Teraz, podczas których muzycy Spółdzielni opowiadają słuchaczom o najciekawszych twórcach i nurtach muzyki współczesnej.