ur. w 1971 w Elblągu, studiował kompozycję w klasie Leszka Wisłockiego w Akademii Muzycznej im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu. Był jednym z inicjatorów powstania Studia Kompozycji Komputerowej na tej uczelni, na której obecnie wykłada m.in. kompozycję i realizację muzyki komputerowej. Znalazł się w gronie stypendystów Fundacji Przyjaciół Warszawskiej Jesieni, Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Experimentalstudio der Heinrich-Strobel-Stifiung des SWR we Fryburgu Bryzgowijskim oraz Fundacji im. Ernsta von Siemensa w Monachium. Jest laureatem Międzynarodowej Trybuny Muzyki Elektroakustycznej w Rzymie (2003) oraz Konkursu Wykonawstwa Muzyki Współczesnej Gaudeamus w Holandii (2005). 

Komponuje utwory kameralne i symfoniczne. Jest twórcą projektów multimedialnych, interaktywnych projektów improwizowanych i okołomuzycznych. Od wielu lat główne miejsce w jego działalności zajmuje twórczość elektroakustyczna. Tworzy wraz z Agatą Zubel duet ElettroVoce, w ramach którego realizują projekty na głos i elektronikę. 

Jest wielkim orędownikiem muzyki improwizowanej. Chętnie współpracuje z muzykami jazzowymi, a także innymi artystami, których pasją jest kreowanie muzyki na żywo. Wraz z Pawłem Hendrichem i Sławomirem Kupczakiem powołał do życia grupę Phonos ek Mechanes. W ramach niej uprawia szczególny rodzaj elektronicznej muzyki improwizowanej – human electronics, gdzie komputery są kontrolowane akustycznymi instrumentami. Od 2016 coraz większe znaczenie w twórczości Cezarego Duchnowskiego zajmuje sztuka synkretyczna, w której muzyka ma kluczowe znaczenie we współkreowaniu dzieła polimedialnego. Owocem tych zainteresowań są projekty instalacyjno-dźwiękowe oraz sztuki teatralne, w których muzyka pozostaje w ścisłej i żywej interakcji z innymi mediami. 

Wybrane utwory (od 2005): 10 1, 8 2, 6 3, 4 4 na kwartet smyczkowy (2005), Brama na orkiestrę symfoniczną i komputer (2005), Broda na wiolonczelę i komputer (2005), Ogród Marty, opera kameralna na głos żeński, aktora, media elektroniczne i instrumenty do libretta Piotra Jaska (2006), Sweter. Audycja 3 na lektora i elektronikę (2008), Cello_netna oktet wiolonczelowy (2009), Głosy miasta na orkiestrę symfoniczną, chóry i komputer (2009), Rzut kości na trzy komputery (2009), Stazione Termini, muzyka do spektaklu Wrocławskiego Teatru Pantomimy (2010), 1 5 1, 2 4 2, 3 3 3 na skrzypce, wiolonczelę i elektronikę (2011), Crossfade na akordeon, wiolonczelę i elektronikę (2011), i na grupy instrumentów i elektronikę (2012), Fere Vetus Canticum na głos i akordeon (2012), Koniec poezji na głos, wiolonczelę elektryczną, orkiestrę i elektronikę (2012), acc++ca na akordeon i komputer (2012), Kamień – rzeka – rytm na cztery viole da gamba i elektronikę (2013), Muzyka form przestrzennych na głos, wiolonczelę, smyczki i elektronikę (2013), Parallels na fortepian, keyboard midi, perkusję i wiolonczelę (2014), Drone Music na instrumenty i elektronikę (2014), Symfonia zbiorów na grupy instrumentów i elektronikę (2015), eSequenza I. Etiuda na drugie uderzenie w talerz na talerz i komputer (2016), Bal wiosennej pełni na instrumenty i elektronikę (2017), eSequenza II. Starter na klawesyn i komputer (2017), cROSSFAdE 2 na akordeon, altówkę i elektronikę (2017), Przedtakt na ośmiokanałową taśmę (z Rafałem Augustynem; 2018), eSequenza III. The Rest. na głos i komputer (2019), WELOVELIVE na głos, kwartet smyczkowy, konstrukcje dźwiękowe i komputer (2019), Diabelskie Skrzypce, opera wiejska (2020), Drewniany na wiolonczelę solo (2020), phonoPhanomatics na instrumenty i elektronikę (2021); muzyka teatralna i filmowa.