ur. w 1963 w Hamburgu. Studiował w Hochschule für Musik und Tanz Köln. Swoje umiejętności instrumentalne rozszerzył niemal na całe spektrum instrumentów dętych drewnianych, w tym również fletów. W projektach solowych oraz kameralnych intensywnie zajmuje się poszerzaniem możliwości brzmieniowych i modyfikowaniem instrumentów, wykorzystując nieortodoksyjne techniki wykonawcze oraz koncepcje mikrotonowe, częściowo opracowane przez niego samego. Jako lider zespołów i kompozytor porusza się w szerokim obszarze współczesnej muzyki improwizowanej. W jego twórczości nie istnieje wyraźna granica pomiędzy kompozycją a improwizacją. 

Jeszcze podczas studiów współpracował z puzonistą i kompozytorem Klausem Königiem, występował w GrubenKlangOrchester Georga Graewego oraz w WDR Big Band. W 1995 założył Frank Gratkowski Trio z Dieterem Manderscheidem (kontrabas) i Gerrym Hemingwayem (perkusja). W 2000 do zespołu dołączył holenderski puzonista Wolter Wierbos. Od 2001 współtworzy trio z Achimem Kaufmannem (fortepian) i Wilbertem de Joode (kontrabas). W 2008 powstał eksperymentalny kwartet saksofonowy Fo[u]r Alto z jego udziałem. Jest również współzałożycielem Multiple Joy[ce] Orchestra, dla której komponuje. W ostatnich latach coraz częściej współpracuje z muzykami młodszego pokolenia, obecnie między innymi w kwartecie The Resonators oraz w nowym kwartecie In Cahoots (Philip Zoubek – fortepian i syntezator, Robert Landfermann – kontrabas, Dominik Mahnig – perkusja), występującym także jako kwintet z udziałem Ingrid Laubrock (saksofony). 

Gratkowski występował między innymi jako solista, lider zespołów i muzyk sesyjny na najważniejszych festiwalach w Niemczech oraz na licznych międzynarodowych. Prezentował się w trio na Donaueschinger Musiktage, w 2014 otrzymał zamówienie kompozytorskie od zespołu Zeitkratzer, w 2021 pełnił funkcję improviser in residence na austriackim festiwalu muzyki nowej Klangspuren, współpracował także jako solista z orkiestrą Westdeutscher Rundfunk (WDR). Na festiwalu November Music w ’s-Hertogenbosch oraz Huddersfield Contemporary Music Festival występował z zespołem Apartment House, dla którego skomponował również utwór na zamówienie. Po realizacji Mature Hybird Talking dla Ensemble Modern i we współpracy z tym zespołem w 2022, w 2023 podjął współpracę z Ensemble Musikfabrik. 

Pod własnym nazwiskiem wydał około 50 płyt; jako muzyk współpracujący uczestniczył ponadto w nieokreślonej liczbie innych produkcji fonograficznych. W 2005 otrzymał prestiżową nagrodę SWR Jazzpreis. 

Mieszka w Berlinie. Prowadził działalność pedagogiczną w konserwatoriach w Arnhem, Hanowerze, Berlinie i obecnie w Kolonii. Ma także bogate międzynarodowe doświadczenie jako wykładowca akademicki i prowadzący kursy mistrzowskie oraz warsztaty.