studiowała grę na flecie w Detmoldzie pod kierunkiem Richarda Müllera-Domboisa oraz w Paryżu u Philippe’a Racine’a. W 2001 założyła Ensemble Reflexion K – zespół kameralny specjalizujący się w muzyce współczesnej, mający siedzibę w nadbałtyckim kurorcie Eckernförde w Szlezwiku-Holsztynie. Występuje jako solistka i kameralistka oraz prowadzi kursy mistrzowskie i warsztaty poświęcone nowej muzyce fletowej i współczesnym technikom wykonawczym w Europie, Ameryce Północnej i Południowej oraz Azji. 

Istnieją liczne nagrania radiowe i płytowe z jej udziałem, zrealizowane we współpracy z niemal wszystkimi niemieckimi rozgłośniami publicznymi. Jej dwa albumy solowe: positions (2003) i Spiegelungen (2011), oba przygotowane we współpracy z Bayerischer Rundfunk, spotkały się z bardzo przychylnym przyjęciem krytyki, która doceniła odważne przekraczanie granic zarówno w sferze brzmieniowej, jak i programowej. Od wielu lat Wagner jest zapraszana do udziału w New York City Electroacoustic Music Festival – dokonała tam prawykonania utworu Verschränkung – ins Offene Geralda Eckerta na flet kontrabasowy i elektronikę. 

W 2022 wykonała po raz pierwszy Ferne Tiefe – dedykowany jej utwór Geralda Eckerta na flet kontrabasowy, orkiestrę, live electronics i taśmę. Jesienią 2026 jako solistka da prawykonanie koncertu na flet basowy i orkiestrę autorstwa Pabla Arayi, również napisanego z myślą o niej, w Córdobie w Argentynie. Wspólnie z kompozytorem Geraldem Eckertem Beatrix Wagner pełni funkcję dyrektorki artystycznej PROVINZLÄRM – Festival and Concert Series for New Music w Eckernförde.