Od 2017 dyrektor Chóru Filharmonii Narodowej w Warszawie. Ukończył z wyróżnieniem wydział dyrygentury chóralnej Akademii Muzycznej im. I.J. Paderewskiego w Poznaniu. W latach 1998–2005 był asystentem Stefana Stuligrosza i dyrygentem Chóru Filharmonii Poznańskiej. Z Poznańskimi Słowikami koncertował wielokrotnie we Francji, Włoszech, w Niemczech, Hiszpanii, Belgii, Holandii, Danii, Szwecji, Austrii, Szwajcarii, Czechach, na Litwie, w Rosji i Japonii. Jest laureatem nagrody L’Orphée d’Or 2015 przyznanej przez Académie du Disque Lyrique w Paryżu, nominacji do Fryderyka 2015 za dwupłytowy album z muzyką Pasquale Anfossiego, laureatem Fryderyka 2019 za nagranie opery Hagith Karola Szymanowskiego, zdobywcą Złotej Płyty, a także zwycięzcą IX Ogólnopolskiego Konkursu Dyrygentów Chóralnych. 

Bartosz Michałowski jest założycielem, dyrektorem artystycznym i dyrygentem Poznańskiego Chóru Kameralnego, pomysłodawcą i dyrektorem Ogólnopolskiego Konkursu Kompozytorskiego Opus 966, twórcą warsztatów kompozytorskich dla dzieci i młodzieży „Pisz muzykę – to proste!”, a także współautorem projektu „Obrazogranie”, realizowanego z Muzeum Narodowym w ramach Biennale sztuki dla dziecka w Poznaniu. 

Jako dyrygent zdobywał główne nagrody w uznanych konkursach chóralnych oraz liczne nagrody specjalne: za najlepszą technikę wokalną zespołu, najlepsze wykonanie muzyki współczesnej czy dla najlepszego dyrygenta. Uczestniczył także w prestiżowych festiwalach. 

Jako dyrektor Chóru Filharmonii Narodowej poprowadził w siedzibie Filharmonii i poza nią kilkadziesiąt koncertów. W 2017 przygotował zespół do światowego prawykonania opery sakralnej Mojżesz Antona Rubinsteina (dyr. Michaił Jurowski), a w 2019 do wykonania i pierwszego w historii nagrania opery Paria Stanisława Moniuszki we włoskiej wersji językowej. Rok wcześniej Chór pod jego batutą wziął udział w projekcie PWM „100 na 100 – Muzyczne dekady wolności” – powstało nagranie Stabat Mater Romana Padlewskiego. 

Bartosz Michałowski brał ponadto udział w przygotowaniach kilkudziesięciu koncertów wokalno-instrumentalnych Chóru i Orkiestry Filharmonii Narodowej i współpracował ze znakomitymi dyrygentami: Andrzejem Boreyką, Tonem Koopmanem, Christophem Königem, Matthew Hallsem, Martinem Haselböckiem, Bjarte Engesetem, Jackiem Kaspszykiem i in. Wielokrotnie współpracował też z Krzysztofem Pendereckim przy wykonaniach jego kompozycji. 

Obok bogatego doświadczenia dyrygenckiego, artysta przez wiele lat doskonalił umiejętności i wiedzę z zakresu emisji głosu – ukończył kursy mistrzowskie u Poppy Holden (Wielka Brytania), Christiana Elssnera (Niemcy) i Józefa Fraksteina (Polska). Jest wykładowcą Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina.